Με την έναρξη της Κατοχής (Μάιος 1941),στο επίκεντρο του ενδιαφέροντος των κατακτητών βρέθηκε ο κάμπος της Κωπαϊδας,τη φρούρηση της οποίας ανέλαβε ένας ιταλικός λόχος πεζικού με έδρα την Αλίαρτο. ωστόσο η κυριαρχία ανήκε στους Γερμανούς,οι οποίοι χαρακτήρισαν την έκταση των 240.000 στρεμμάτων που προέκυψαν από την αποξήρανση της λίμνης, μαζί με αγροτικές αποθήκες, στάβλους, οχήματα και ζωικό κεφάλαιο (άλογα, κοπάδια αιγοπροβάτων και βοοειδών) <<λεία πολέμου>> και τοποθέτησαν επικεφαλή τον Χανς Μάγιερ, προπολεμικά υποδιευθυντή της Αγγλικής Εταιρείας Κωπαϊδος, ο οποίος υπηρετούσε πλέον στη Βέρμαχτ με το βαθμό του υπολοχαγού.Λόγω της σημασίας του χώρου,ο Μάγιερ αποτελούσε ένα είδος <<μικροφεουδάρχη>> με αυξημένες αρμοδιότητες και προσωπική εξουσία επί καλλιεργητών αγροφυλάκων, ακόμα και επί των ελληνικών αρχών.
Το πρωί της 7ης Δεκεμβρίου 1943, το αυτοκίνητο του Χανς Μάγιερ δέχτηκε επίθεση έξω από Αλίαρτο. Από τα πυρά σκοτώθηκε η σύζυγος του Μάγιερ, γεγονός που πλήρωσαν με τη ζωή τους πέντε όμηροι των στρατοπέδων Θηβών και Υπάτου και πέντε κάτοικοι της Αλιάρτου.
Παρά τα αντίποινα, η αντάρτικη δράση εντάθηκε και στη Βοιωτία του 1944 καταγράφηκαν οι μαζικότερες ίσως εκτελέσεις αντιποίνων στην νότια Ελλάδα.
Τη νύχτα της 7ης Ιανουαρίου 1944, μια ομάδα του ΙΙΙ/34 Τάγματος ΕΛΑΣ Λιβαδειάς, επιτέθηκε στη Βρασταμίτα (Υψηλάντης) και σκότωσε δυο Γερμανούς υπαξιωματικούς. Την επόμενη μέρα 50 άτομα τουφεκίστηκαν μέσα στο χωριό από τους 200 που είχαν συλλάβει στις 5 Ιανουαρίου στη Λιβαδειά. Ανάμεσά τους ο Βρασταμιταίος Νίκος Γιαννακόπουλος και από την Πέτρα ο Ιωάννης Αναστασίου. Με γερμανική διαταγή απαγορεύτηκε αυστηρά η κατάθεση στεφάνων, η σταυροθεσία και η τέλεση μνημοσύνου για τα θύματα. Ακολούθησαν δυο λουτρά αίματος. Στις 26 Απριλίου, 117 αντιστασιακοί όμηροι, κρατούμενοι των φυλακών Λιβαδειάς και κάτοικοι της περιοχής, θερίστηκαν από τα γερμανικά πολυβόλα στη θέση «Καρακόλιθος» Λιβαδειάς (στο σημείο που την προηγούμενη 5 αξιωματικοί των Ες-Ες είχαν σκοτωθεί σε ενέδρα του ΕΛΑΣ) και τον Μάιο ακολούθησε η εκτέλεση 120 ομήρων από το στρατόπεδο Χαϊδαρίου στη Ριτσώνα Αυλίδας —6χλμ. νότια της Χαλκίδας.
Τον Αύγουστο του 1944 οι Γερμανοί επέστρεψαν και έκαψαν το χωριό ολοσχερώς.
Στον τόπο της εκτέλεσης υπάρχει μνημείο .Το Σάββατο 30/01/2016 τελέστηκε τρισάγιο στη μνήμη των εκτελεσθέντων, μεταξύ των οποίων υπήρχαν και ανήλικοι.https://www.facebook.com/aliartosmazimoulki/photos/a.1452796561631012.1073741828.1452357598341575/1702035196707146/?type=3
Στη δημοτική βιβλιοθήκη της Λιβαδειάς υπάρχει το βιβλίο του Τάκη Λάππα "ματοβαμμένες δάφνες της ρούμελης" και σε ψηφιακή μορφή, που περιγράφει τα γεγονότα που συνέβησαν σ΄όλη την περιοχή τον καιρό της κατοχής.
